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日本侵華戰爭時期，日本各大宗教中以日本基督教界支援戰爭的表現最積極努力與熱心，因他們企圖藉此機會，獲得日本帝國的青睞，想趁機擴大教會的勢力(按明治維新以來基於政治理由，政府大力鼓勵神道教打壓佛教，將天皇定位為神，因為其宣揚忠於天皇的思想，對天皇統治國家有一定的説明。
就提出王政復古、「神佛分離」和「廢佛毀釋」。首先命令門跡親王複飾(還俗)，廢止宮廷的佛教儀式，排除神社內的佛像，廢止供于神前的佛具，禁止僧侶參加神道儀式，禁止「神佛混淆」，頒佈所謂「神佛判然」的法令。從而日本各地發生了燒棄佛像佛畫、破壞寺廟堂塔、命令僧尼還俗、把寺院改作醫院和學校等事件。明治5年4月25日，新政府乙太政官佈告，許可僧侶帶妻食肉和蓄髮，同時又命僧侶于法名上加姓,於是某些寺院的僧侶便公開娶妻食肉，種種作法就是要消滅佛教為目的。
日本帝國逐漸顯露侵華野心，但日本佛教有識之士就公然反對，如昭和十二年（1937），日本佛教真宗大谷派明泉寺住持升中彰元曾說：「戰爭是罪惡，支那事變侵略戰爭，是人類的敵人，所以應該停止。」 ，日本佛教的創價教育會會長牧口常三郎堅決拒絕參拜神社和接受神劄，他在戰爭正酣之際發表文章猛烈批判軍國主義。本道教團的大西愛治郎在《告憂國之士》的教義宣傳中警告法西斯分子：「天皇軍隊侵略中國大陸只憑藉天佑神助的迷信，其後果必然在泥沼中越陷越深」；「這場戰爭違背神意不會取得勝利。」所以他禁止教徒入伍參戰和為戰爭服務。類似的人物和事蹟還有不少，大多數日本人民也是厭惡戰爭的。但是在軍國主義猖獗的年代，反戰就會遭到逮捕和鎮壓，牧口常三郎等許多佛教人士為此死于獄中}。
當時基督教各教會的方式大致如下:
第一,
協助日本政府製造戰爭輿論。「九一八」事變爆發後,日本教會的主流輿論將戰爭責任推向中國一方,林三喜雄、古屋孫次郎、清水安三等日本牧師，製造肯定戰爭的言論。日本牧師林三喜雄就曾在福音新報上發表了一篇為關東軍辯解的長文, 明文指出:『我直率地斷言,這次事變是中國軍閥多年來有計劃地實施排日行動的結果』
1937年7月7日盧溝橋事變爆發後的7月22日,日本政府發起『國民精神總動員運動』,以鼓動日本國民起來支援侵略戰爭,日本教會不僅在輿論上對該運動大加讚賞，而且用實際行動對運動進行聲援，如日本長老會長老武藤富男，堅持認為"滿洲國"就是協和思想的集中體現，是信仰、精神和道德符號。首先日本基督教聯盟立即編輯出版了『國民精神總動員宗教運動資料若干輯,從理論上闡明基督教與日本對外戰爭的關係。接著聯盟又制定了參加總動員運動的詳細方針,對日本基督徒的具體行動進行指導。其實施綱領大致包括:
1 透徹地認清大局, 使基督教理想與日本的根本目標保持一致;
2支援日本提出的大東亞新秩序理論,用國際正義、共同防共、創造新文化、經濟結合等理論指導基督教;
3恪守興亞奉公日,開展宗教儀式,祈禱皇室和國家的昌隆,用信仰覺醒推進國民精神;
4協助實現經濟國策,從事活用物資、節約消費、力行儲蓄、更加勤勞、加強體力改良風俗等活動;
5 從事慰問將士的家屬、慰問傷兵、執行慰靈典禮等後援工作;
6 到前線慰問日軍傷兵;
7 通過日本基督教女信徒在北京等地日本基督教聯盟發表非常時局有關聲明肯定日本侵華的正當性, 開展的醫療機構強化與中國民眾的提攜關係;
8 在佔領區與各國基督教事業的聯繫, 增進對新事態的認識;
9努力緩和國際輿論,通過溝通加深國際社會對日本的理解以上方針並不僅僅是一種空談, 而是在日本教會中切切實實得到貫徹的有效方案。
繼此聲明之後, 聯盟又分別于 9月 15日和 11月 24日發表補充聲明, 三者構成日本基督教聯盟對盧溝橋事變意見的宣言。這三份聲明完全肯定了日本侵華的正當性,並出現了日支提攜共榮親善協作排斥無神無靈魂的唯物思想等字樣,這說明日本基督教聯盟已經接受了日本軍國主義者所謂大東亞新秩序中日提攜、反對共產主義等理論;而聲明中又多次出現號召日本教會慰問日本軍隊、事變後日本基督教聯盟的海老澤亮、小崎道雄、阿卜義宗、田川大吉郎、真郭賴一等教會領導人到中國淪陷區慰問參加國民精神總動員精神作興運動等,日本教會在中國的活動十分頻繁表明日本教會在行動上開始對日本侵華大力協助。
除日本基督教(含天主教)聯盟外,日本其它教派也紛紛發表支援戰爭的言論,如日本組合教會曾發支那事變有關聲明和處於時局的協定,其論調大體與日本基督教聯盟一致;而聖公會在其文章中甚至斷然說于此次事變是聖戰,為日本侵華提供宗教依據。
一些日本基督教思想家也開始公開地用基督教的理論去闡釋日本的侵略政策,如小崎道雄、八代斌助、海老澤亮等教會領袖都曾著書為所謂的大東亞建設和日華提攜等反動論調鼓吹至此,日本基督教界開始全面倒向日本侵略勢力,滑向軍國主義的深淵。
1941年太平洋戰爭爆發日本基督教界徹底地與日本政府站在了一起, 成為日本對外政策的忠實擁護者。1944年復活節, 教團發出日本基督教團寄送大東亞共榮圈內基督教徒之書函極大地為日本侵華宣揚，同時極力盛讚日本天皇制國體,大力支援將日本視為亞洲盟主的大東亞共榮圈理論。書函中還宣傳要堅持貫徹日本國體的本義,堅決排除個人主義、自然主義、社會主義、共產主義等西歐思想。這篇書函顯然是一篇基督教日本政策的宣傳品,對於被侵略國家而言其影響是極其惡劣的
第二,
協助日軍實質開展對外戰爭。盧溝橋事變爆發後,日本基督教聯盟多次向侵華日軍派出慰問團,大量為日本士兵提供理髮、洗浴、醫療等服務。在日本國內,教會組織人力安撫和照顧傷兵家屬,如1938年底日本教會與東京總動員部邀請傷亡士兵家屬參加了市政廳舉辦的聖誕儀式。
1939年8月,日本兵庫教會二百余名基督徒組建基督教報國會,協助日本對外侵略。1943年,規模擴大的報國會組織信徒結成勞動報國隊,通過擴大生產支援戰爭。同時開展國民儲蓄運動,號召國民積累資金支援戰場。該年報國會還為戰死的日軍將領山本五十六召開盛大的追悼會。同時,日本基督教團多次號召日本基督徒為戰爭捐款,1943年曾捐獻特別基金為日軍購置飛機。
事變後聯盟向日軍發出感謝狀，除教牧外另派信徒展開慰問活動,在中國淪陷區為日軍侵略服務。如日本教會在天津開設的休息房,包括一個閱覽室、一個書房、一個日本人浴池、一個理髮店和其他設施。僅1938年8月報告的數位如下:為147427人提供茶水, 為 83993人提供洗浴, 為 46871 人理髮, 為士兵提供明信片 80000 張,提供神國週刊!36000份,分發聖經!50000份。
日本基督教聯盟的婦女隊還建立了一個服務中國人的社交中心和診所,一個醫生和一個護士被派遣到那裡工作,希望通過它來贏得中國人的好感。安撫士兵家屬的工作在日本也有條不紊地進行著，1938年底日本教會與東京總動員部合作,邀請受傷士兵和失去親人的家庭在市政大廳舉行了一場耶誕儀式, 產生了很大的影響, 此後各地基督教組織都努力與當地官員密切接觸, 積極推動宗教儀式的開展。
東北教會方面
日人教會受命對東北華人教會的控制及華人教會主動投敵
日方控制東北教會的另一種形式，是利用基督教的組織和個人掌握東北教會，另方面通過收買中國基督教會進而影響東北社會。，日本教會人士早在1903年就在天津活動，其後日本公理會進入青島、北京、上海等地，聖潔會也傳到上海。
九一八事變後，奉天市長土肥原賢二在瀋陽成立"治安維持會"，指令日本牧師山下永幸為負責人，並拉攏瀋陽神學院院長英雅各(James W. Inglis)，利用東北軍糧襪廠的庫存餅乾救濟難民，藉以邀買人心。
1933年9月，日本長老會牧師日匹信亮和山下永幸在東京組建滿洲基督教會，開始向東北的華人傳教。不久滿洲基督教會發展為南滿、北滿和熱河三個教區，1938年蘭教區下轄教會已達15個。七七事變以後，山下等人將滿洲基督教會改組為東亞傳道會，除管轄原有的東北各教區外，叉開闢了蒙疆、華北、華中、華南4個新教區，將傳教觸角從東北一直延伸到海南島，輻射範圍涵蓋了大部分中國淪陷區。日後日本對中國淪陷區基督教的控制，很大程度上是依靠這些教派實現的。
1936年7月6、7兩日，文教部召集東北基督教各派代表20人召開座談
會，討論基督教的統一管理問題。此時恰逢東北大會第26屆會議召開，滿洲基督教會領導人山下永幸邀請日本基督教聯盟總幹事海老澤亮到會演講，二人均參加了文教部的會議，對官方的意見鼎力支援。事後山下宣稱自己得到了日本軍方及偽政府的准許，決定成立滿洲基督教聯合會。
1936年12月1日聯合會在瀋陽正式成立，英國傳教士胡成國任會長，方德立(J. W. Findly)、華人李毓麟任副會長，山下永幸、高光達、華茂山任幹事。滿洲基督教聯合會的加盟教派13個，教會數達494個。其中華人為主的長老會系統就有 309 個教會，占 62.55%強;
而日人教牧為主滿洲基督教會的教會數只有 15 個，僅占 3.04%
聯合會的成立便利了日本對東北教會的控制，為東北教會日華進一步為合一打下了基礎。為了配合日本宣揚的所謂的"日滿親善"精神，山下永幸不遺餘力地培養華人親日人才，時常組織東北華人教牧人員前往日本觀光訪問。
1937年4月，山下率領"滿洲基督教代表團"胡成國、劉國華等 14人去日本視察;1938 年 10 月派英國傳教士柏基根(T. M. Baker) 、牧師金玉清赴東京，代表英、"滿"兩國教會向"日本基督教長老會全國會議"道賀;1940 年山下與胡成國代表東北基督教會參加
日本皇紀二千六百周年紀念日;1941年派華人馬福江、王子真等八人參加日本東京青山學院主辦的"東亞基督教講座"等等。這些到日本參觀訪問的教會人士支援"大東亞新秩序"、"唯神之道"學神社參拜禮儀"，在各種講座上支援"東亞都應順服日本的領導"、"日滿華同文同種等論點，一德一心當漢奸。
太平洋戰爭爆發後，山下永幸回國，日本牧師石川四郎接替了他的職 位。 1941年12月17日，石川邀請滿洲基督教聯合會會長、東北大會總幹事胡成國召開東北大會，改原來的教務會為臨時措置委員會。會上推舉石川為會長，全權代表東北大會向偽滿政府聯絡辦理一切事宜。
12月31日，石川與被日偏關押在大豐大樓中的英國傳教士邱樹基和方德立訂立合同，將教會所有房地產和部分資金移交給臨時措置委員會，
1942 年 3 月 27 日石川四郎在長春西五馬路教會組建滿洲基督
教會本部，將東北基督教15個教派(基督複臨安息日會除外)合併在一起，劃分8 個教區，本部設在長春，完全控制了東北教會
日本統治者通過日本教會勢力與甘為漢奸的中國人基督徒，成功地將東北基督教在組織、思想和行動方面進行了全面改組和改造，此後整個東北華人基督教被納入日偽所預想的軌道中來。
1942年2月，石川在華人支援下發布通告指令東北教會為聖戰、為"大東亞共榮圈"服務，1944年2月經文教部發令命名，組建滿洲基督教財團 法，
1945年4月，石川召開教區長會議，拋出國民教化挺身運動、增產報國運動、儲蓄報國運動、必勝防空體制確立運動、國民道義確立運動等所謂的"教化五大運動至此東北華人基督教會全成為日偽利用的工具
;日本教會能夠迅速掌控東北基督教，也有西方教派自身的原因。西方傳教士與日本教會的關係遠非我們想像的那樣緊張，他們總是盡力與日本教會合作，而華人又是被外些教會豢養 仰其鼻息，以這些人是瞻。
東北華人傳教士除曾多次應邀訪日，東北的教會人士經常參加日本人的集會，與日本牧師聯合祈禱。"滿洲基督教聯合會"組建的過程中也多有西方傳教士參與的身影。
七七事變後，處於危境的東北華人教會在日本教會中尋求靠山自甘為漢奸的現象幾乎非常普遍。如基督複臨安息日會從日本請來牧師小倉。
哈爾濱西門臉教會分別拉來山下永幸和石川四郎做顧問，東北長
老會"為配合現實"也把石川拉攏進來。
第三,使華人基督教會為其宣傳。日本為了便於對佔領區基督教的控制, 為其宣傳就實行聯合管理的方式。如在中國東北結合當時的各地中國基督教教會建立滿洲基督教聯合會,華北成立中華基督教團,華東建立基督教同盟和中日基督教協定會,西北建立蒙疆基督教團,山東建立山東中華基督教會,漢口成立華中基督教團,臺灣成立基督教臺灣教團等等。
這些團體的建立及運作過程大都有由中國教會主動請日本教牧參與,甚至來當領導人。比如當時影響最大的華北中華基督教團,該團主理和執行委員雖然是中國教牧人員,但卻請日本牧師村上治、織田金雄和日本政界要人河野靜士、武田熙參與其事,日人是教團名譽上的領導者。且教團從事的活動也多與戰爭協力有關。
中國教會為求得安全保障有時更會與日本教會拉近關係。如東北基督複臨安息日會從日請來小倉牧師,由他出面與日偽政府交涉取得利益。哈爾濱西門臉教會甚則請來山下永幸和石川四郎做顧問。而對於在華西方傳教士, 只要不影響其傳教利益, 大都持與日本人合作的立場, 共同參與出賣中國，這也可以解釋在日本淪陷區的基督教體系一點也不受日人影向，反而發展更興盛的原因。
中國教會習慣上將河北、河南、山東、山西四省與北平、
天津和青島。統稱為華北中華基督教,。新成立的聯合會無形中成為華北基督教的領導機構。 1942年10月15日華北四省三市基督教會代表８００多人在北平中南海懷仁堂成立。該會主理是衛理公會監督江長川和執行委員都是中國教牧人員,但主動去請日本牧師村上治、織田金雄和日本政界要人河野靜士、武田熙為特邀委員,教團宗旨為「上面聯絡當局、幸賴友邦襄助」，「為大東亞戰爭服務」
后来华北各地教会纷纷成立基督教团分会。河北基督教团分会会长由叶保罗教牧担任，特约委员为日本牧师稻田浩。分会下设保定道、燕京道、真定道、津海道、冀东道、渤海道、顺德道、冀南道八个区会，分别由叶保罗、刘子明、胡景森、霍培修、杨德全、康馨、宋正义、许贵宾担任区会长。另外，日本牧师小川秀一在张家口组织「蒙疆基督教团」，由姚树德牧师为团长。承德基督教英籍传教士被日本人「优待管束」，日本牧师福井二郎直接接管承德教会主教堂，统领承德各地基督教会。基督教团多次组织和平祈祷，与日人口气一致。
1942年春,日本陸軍特務機關專員飯野先與天津日本教團領袖、中村三郎牧師會晤。根據飯野的指示,中村三郎聯合天津基督教聯合會負責人劉修齋,于同年4月22日舉行天津中日基督教領袖聯歡會,宣揚中日教會合作,為成立新教團鋪路。
6月5日和7月28日華北基督教聯合促進會天津分會和津海道區會先後成立。此後天津教會更參加日本人組織的基督教講習會, 並參加了北京華北基督教團成立大會。 1942年 10月 24日改組天津分會和津海道區會為教團,是為華北中華基督教團天津分會。
從1943年1月4日起,天津教團假東馬路青年會合署辦公,對外仍沿用兩分會各自的名稱，但組織機構完全合一中村三郎等日本牧師同時兼任兩會的顧問。
這樣華北中華基督教教團進一步控制了天津的教會組織共同通敵賣國除了以上兩地區外華東地區也設立了華東基督教同盟和中日基督教協定會西北地方組建了蒙疆基督教團(山東建立了山東中華基督教會)漢口成立了華中基督教團這些團體組建的,過程中幾乎都有日本教牧人員的參與,完全配合日本侵略勢力控制淪陷區基督教體系。
這些新成立的教團完全被納入日本戰時侵略體系，如滿洲基督教會本部開展國民教化挺身運動、增產報國運動、儲蓄報國運動、必勝防空體制確立運動、國民道義確立運動等所謂教化的五大運動，華北中華基督教團展開和平祈禱、增產糧食、獻銅獻鐵、成立唯愛服務部、教產處理等活動。教團中的日本教牧人員則成為這些運動和活動最直接的鼓吹者和指導人。
其他的一些基督教賣國形式也不應忽視如九一八事變後, 東北基督教青年會就在日本青年會金錢收買脫離中國內地青年會總會, 成立配合日人侵華的滿洲基督教青年會。又如1935年成立的奉天日滿耶穌基督教會就是另一個典型該教會章程中通篇宣揚的都是日滿親善同文同種等賣國理論。
其實幫助日軍侵佔中國最有力的人士就是基督徒淫虫張學良，他握有30 萬大軍卻不抵抗日軍，讓日人幾乎不花一顆子彈就輕易佔領東三省，另一就是極無人格，號稱基督將軍的馮玉祥，投靠偽滿十個軍團中的7個都是他的基督教部將與信教的軍隊。
台灣的基督徒李登輝出賣釣魚島給日人，這都是人人皆知的事實。另一出賣中國權利給日人的就是袁世凱的外交總長天主教修士的陸徵祥，他簽的二十一條賣國條約如下
「二十一條」共分為5號，第一號有四條，是關於日本接收山東省內舊德國權利、並擴展築路權、定居權和通商權的要求。第二號的七條內容要求將日本在關東州租借地、南滿鐵路、安奉和吉長鐵路的權益再展期99年，以及日本人在內蒙東部和南滿的開礦、定居、通商權利。第三號有兩條，要求日本獨佔漢陽、大冶、萍鄉的 煤鐵事業。
第四號要求中國不將沿海口岸和島嶼割讓他國。第五號7條要求中國政府聘用日人擔任軍事和財政顧問，且日本顧問需多於他國顧問的總數。中國警察由 中日合辦或聘用日本顧問。中國軍隊所需的軍械器材由日華合辦的軍械廠供應，或向日本採購。湖南、湖北、浙江、江西、福建等省鐵路建造權利交與日本。承認日 本在中國各地醫院、寺院、學校的土地所有權，並承認日本的「布教權」。
東北淪陷時期的朝鮮族基督教
基督教大約于1878年前後從朝鮮半島傳播到東北地區的朝鮮族中。1887年徐相侖、白鴻俊等人在瀋陽市翻譯出版了第——部朝文《聖經》書籍。1898年李聖三、林得賢在集安縣成立了朝鮮族教會——裡楊子教會。此後各地基督教會相繼成立。
當時，進入東北地區朝鮮族中的基督教有長老派、聖潔派、美以美派、監理派、浸信會、信義會等派別。其中長老派和監理派在朝鮮族中最有勢力。加拿大長老派(普羅衣斯坦丁教派)在延邊地區有會員400人，全部是朝鮮人。每週1次禮拜日，每月募集1次捐款，平均每人約1角錢。每年需要經費大約1300元左右。
長老派在延邊地區的教會本部設在龍井縣，1917年由加拿大籍的傳教士斯科特開設恩真中學o1920年英國傳教土奇愛斯創辦了明信女子學校。加拿大長老派的勢力從朝鮮、間島地方起一直發展到整個東北地區，瀋陽、哈爾濱等地建立了相當數量的教會及教堂，而且以通化地區為中心建立了20個教會，信徒達千余人。另外其他地區約有教徒6 000余人，如集安縣約有200余人、長白縣有200余人、興京約有600余人、輝南縣約有l200余人、海龍縣600余人、大連約有700余人。在沿海州地區和西伯利亞地區據說還有相當數量的信徒。
除加拿大長老教會之外還有教勢較強的監理教會，即梅傑内斯特、恩必斯克培爾、加契教派。在中國東北各地設有教會，並有相當人數的傳教士，沒有傳教︰亡居住的地方則派遣傳教土巡迴布教。隨著擴教宣傳，各地的教堂和教徒逐漸增加，教勢不斷發展。1921年德 國籍神甫任錫忠在龍井縣設立‧廠海星小學，1929年相繼興辦了海星女學部。1933年與海星小學合併，改為海星學校。天主教羅馬教派在黑龍江地區海倫縣一帶也是極為活躍、頗有教勢的。並且建有羅馬教村莊，村內是由2000朝鮮族人和當地的滿族人組成的宗教部落，設立了警備、衛生、教育、傳教、生產、貿易等6個職能部門，以教會為生活中心日日生息勞作。
日人當局苦心策劃的東北地區朝鮮族殖民文化政策，1937年間已見些許效果，為此，日當局得意洋洋地認為︰「‘滿洲事變’和‘支那事變’之後，使他們逐漸認清了日本國的真正實力，在滿的朝鮮人思想較之以往發生顯著變化，極大地有利於政府。……”
延邊地區的德系天主教極力協助日本當局鎮壓抗日力量，延吉市的德系天主教佈滿了特務網路，可以說比當地的德國領事館還嚴密。德系天主教的神甫在中國東北活動了14年，掌握了一口流利的漢語，助理主教在朝鮮居住了16年，能夠自如地運用朝鮮語。
教會活動由德國納粹党提供相當充足的經費，因此，德系天主教會在延吉市區東北端佔據了很大的地盤，高高的圍牆大院，有著宏偉的主體教堂建築，附帶兩層建築的女修道院。此外，還設有修道醫院、幼稚園、發電所、鐵工廠、木工廠、印刷廠、汽車庫及相當大的農場。作為宗教傳教的教會建築，其設施之完備，規模之大，在東北時區是罕見的。
德系天主教會在「九‧一八」事變中，向德、意、日聯盟國提供了極為詳盡的有關中國東北的重要情報，為日本侵略者所重視。1912年至1915年間，日本侵略者多次出兵討伐在長白山一帶活動的東北抗日武裝力量之時，延吉的德系天主教積極協助日本侵略軍，將最大的教堂做其住所並提供種種生活必需品，乃至一些軍事設備，如無線電通訊台等等。
同時，教會還利用日軍討伐之機，發給信徒保護證明書，以謀求配合日政權，以擴大會員和信徒隊伍，並且極力向日人政權獻計，「屠殺排日暴動的朝鮮族人，不要株殺其子女及親屬，否則會有更多的人追隨共匪。我們(德系天主教)對這些不法分子以救濟為名，伸出憐憫之手，進行教化與控制，定會抓住人心。
」此「教化」政策，深受日人當局的賞識和信任。因此，當時德系天主教在延邊地區頗為興盛，教徒人數倍增但是，大多數東北地區非教徒的朝鮮族同胞還是愛國的，不滿日本侵略者的統治。——部分人抱有強烈的反滿抗日的心理，並積極參加東北抗日聯軍的抗日活動。在這一點上，日本當局也不得不承認，在滿鐵道總局情報科的《滿洲宗教調查報告》中表露︰「滿洲建國以來，政府採取‘共存共榮’的政策，對待朝鮮人採取一視同仁的態度，並且從地理上、政治上給予了充分的保護。
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臺灣的基督徒如何賣國
1895年馬關條約將臺灣割給日本，引起民眾忿恨，清朝官員和地方鄉紳于5月成立「臺灣民主國」，卻在日本占台後全面潰散，
這時基督徒發揮出賣台人的高超技能，基督徒參與「引領日軍入城殺臺胞」的事件，包括指使台奸基督徒辜顯榮(協助剿殺抗日臺灣人民有功)，主導教唆辜顯榮領日軍入臺北城的第二大富商也是基督徒李春生、領日軍由澎湖登陸布袋港的林學恭傳道師，以及領日軍入台南城的巴克禮牧師等這些俗謂的台奸，日軍到後，傳教士馬偕主動拜見日本佔領軍總督乃木西典歡迎這侵略者來到，自甘為順民後，臺灣南北基督教會遂「與日本在台的軍政府建立友善的關係。尊定日本基督教會（長老會）與臺灣教會之間長期合作關係的基礎。」臺灣長老教會成為日軍的探路先鋒」。
1940年，日本驅逐外國人，利用「皇紀二千六百年」慶典遂行精神教化及國家動員。臺灣基督徒肯定日本國的強盛、日本基督教的進步，「傳道報國」一時形成重要召命，「皇國臣民」的國民認同達到高峰。
1941年戰爭擴大，總督府大肆推動國家神道。台人起初順應體制，日人卻以「臺灣基督教奉公團」驅策協力戰爭。繼之，台人未能加入「日本基督教團」，反遭官方授意的「日本基督教臺灣教團」掌控教會機構，教徒甘心為倭人而努力。
1944年4月29日，「臺灣基督長老教會」被並列入在臺北幸町教會新成立的「日本基督教臺灣教團」享受日奴身份的榮游標記。
所以基督徒在日據時代由於這些台奸的功勞，他們教會得以發展甚速，當然中國抗戰其間這些教會自不免『精神總動員運動」支援日人政策，肯定軍國主義、天皇崇拜、甚至提供物質大力贊助。
